Sjöfartsadministration har funnits i vårt land under olika former i många hundra år, ursprungligen lydande under Konungen och marinen.
1950 tillsatte regeringen en sjöfartsorganisationsutredning med uppgift "att undersöka på vad sätt de personella och materiella resurser på sjötransportväsendets område, som nu funnes tillgängliga hos flera olika verk, bäst skulle kunna utnyttjas. Om utredningen ansåg att dessa resurser borde sammanföras till ett enda organ, bör förslag härom framläggas".
Födelsedagen blev den 1 januari 1956. Namnet blev Kungliga Sjöfartsstyrelsen och fadder vid "dopet" var handelsminister Gunnar Lange från Kungliga Handelsdepartementet.
 |
 |
| Fyrskeppet Ölands Rev lades ut första gången år 1919 och ersattes år 1951 med en fast fyr |
Den nya myndigheten kom att bestå av:
- hela Kungliga Lotsverket, 1500 personer varav 45 satt i ledningen i Stockholm,
- hela Kungliga Sjökarteverket, 80 personer plus militär personal under sommarmånaderna,
- delar av sjöfartsbyrån med skeppsmätningsväsendet,
- statens isbrytarverksamhet, sjöåklagaren och sjötekniske konsulenten samt fartygsinspektionen, alla från Kommerskollegium,
- hamnbyrån och vissa kanaler från Kungl. Väg- och Vattenbyggnadsverket.
Den regionala organisationen var vid denna tid mycket omfattande med alla lotsdistrikt, lots- och fyrplatser, inspektionsdistrikt, kanaler, fiskehamnar m.m.
1965 hade Byggnadsstyrelsen, som då var ansvarig för alla civila statliga byggnader, byggt ett nytt stort hus på Sehlstedtsgatan på Gärdet och hela Kungliga Verket kom under samma tak. Där fanns man kvar till finansminister Gunnar Strängs stora verksutflyttning från Stockholm år 1975 då adressen blev Norrköping.
Myndigheten har till i dag omorganiserats ett antal gånger. 1969 slog man ihop ett antal av byråerna till en driftavdelning, bildade sjöfartsinspektionen samt överförde småbåts- och fiskehamnar och den geomagnetiska verksamheten till andra myndigheter. Då skulle man inte längre vara en kunglig myndighet utan rätt och slätt Sjöfartsverket. Denna organisation fungerade till 1987 då man blev affärsverk.
Den 1 januari 2009 startade den nya myndigheten Transportstyrelsen. Till den nya myndigheten flyttade tidigare Sjöfartsinspektionen och de frågor som rör regler, tillstånd, kontroller och skeppsregistret.
Under hösten 2011 etablerade Sjöfartsverket och LFV en gemensam organisation för gemensamma servicefunktioner.