Sjöfartsverket tillämpar från slutet av år 2006 ett miljöledningssystem. Det är helt integrerat i Sjöfartsverkets enda ledningssystem och stödjer därigenom verkets ledningsprocess så att miljöhänsyn och resurshushållning kan vägas in i och genomsyra verksamheten och leda till ständiga förbättringar. Det ska ske genom att rutinmässigt och systematiskt ta fram underlag till treårsplaneringen och verksamhetsuppföljningen. Förbättringsförslag måste också hanteras systematiskt så att miljöarbetet och miljöledningssystemet hela tiden utvecklas i takt med att förutsättningar förändras och problem uppstår. Verksledningen har i november 2010 bestämt sig för att utveckla det befintliga miljöledningssystemet till ett som följer ISO 14001 standarden. Förändringen genomförs i projektform och ingår som en del i ett större projekt att skapa ett nytt certifierat ledningssystem för hela verket.

Den fastställda miljöpolicyn är ett styrande grunddokument i miljöledningssystemet. Policyn bygger bland annat på miljöutredningen som gjordes inledningsvis. I miljöutredningen kartlades den miljöpåverkan som Sjöfartsverket kan påverka direkt eller indirekt. Resultatet användes till att bestämma vilka miljöaspekter av verksamheten som var de viktigaste för verket att arbeta med. Därefter kan miljöaspekterna årligen uppdateras och nya upptäckas genom de fastställda rutinerna så att vi alltid ägnar oss åt de viktigaste frågorna.

I trafiksäkerhetspolicyn styrs bland annat verkets inköp av miljöbilar och hur tjänsteresandet kan planeras för mindre miljöpåverkan. Kvalitetssäkringen av verkets bidrag till den nationella klimatrapporteringen hör också till systemet. Med hjälp av systemet tas fram underlag för verkets treårsplan, verksamhetsplaner och interna miljömål. I verket finns också ett datoriserat system för att hantera förbättringsförslag varigenom även miljöförbättrande förslag hanteras.

Från och med 2010-01-01 föreskriver regeringen hur miljöledningen i statliga myndigheter ska bedrivas i en förordning som du kan ladda hem. Den kompletteras med ytterligare en förordning om energieffektivisering.