Sjöfartsverkets uppdrag omfattar det som tidigare benämndes sektorsuppgifter. Regeringens uppdrag har i den delen utvecklats från att vara mer generellt till att konkretiseras. Avsikten med det arbetet är att verka för att de transportpolitiska målen nås med åtgärder som information och utbildning, samordning och samverkan samt forskning, utveckling och demonstration. 

I Sjöfartsverkets ansvar ligger att nationellt och internationellt arbeta för att transport- och sjöfartspolitiken utvecklas i linje med riksdagens och regeringens beslut. Detta innebär bland annat att Sjöfartsverket följer upp sjöfartssektorns utveckling i förhållande till de transportpolitiska målen, ger stöd och råd inom verkets kompetensområde, verkar för att minska sjöfartens miljöpåverkan, beaktar beredskapsaspekter, genomför och deltar i utredningar, informerar om sjöfartens villkor och möjligheter samt initierar sjöfartsforskning för att bidra till att sjöfarten utvecklas i linje med de transportpolitiska målen.