Infrastruktur ska konkretisera behoven av och kvalitén på verkets tjänster och produkter avseende farleder, isbrytning, sjögeografisk information, sjötrafikinformation, lotsning och sjö- och flygräddning. Avdelningen svarar också för beställningar (uppdrag) till Farleds- och Sjötrafikavdelningen för att uppfylla de mål som gäller för Sjöfartsverket.

Härutöver har avdelningen ansvaret för frågor som rör samhälls- och transportplanering, plan- och bygglovsärenden, beredning av strategiska frågor om sjö- och flygräddning, beredskapsplanläggning för sjötransporter samt medverkar i att ta fram underlag i strategiskt viktiga frågor som rör verksamheten.

Avdelningen ska initiera upphandlings- och anbudsförfaranden av strategisk natur samt bevaka och initiera tekniska utvecklings- och forskningsfrågor. Vid avdelningen handläggs frågor om verkets säkerhetsskydd.