Samhällsavdelningens ansvar ingår i det samhällsuppdrag som statsmakterna har ålagt Sjöfartsverket. Det omfattar politikområdena transporter, näringslivsutveckling, miljöskydd, klimat, krisberedskap, forskning, global utveckling och arbetsliv. Jaak Meri är chef för samhällsavdelningen.
Inom samhällsavdelningen finns tre enheter: sjöfartspolitiska enheten, enheten för säkerhet och beredskap samt sjömansservice.
Sjöfartspolitiska enheten svarar för omvärldskontakter och utredningar i transport- och näringspolitiska frågor, samt bereder Sjöfartsverkets treårsplaner. Enheten svarar också för miljöpolicyarbetet, samordning av forsknings- och innovationsverksamhet och samordning av Sjöfartsverkets globala utvecklingsarbete. Enheten handlägger ärenden om taxor och avgifter samt utfärdande av intyg för avgiftsreducering i ärenden enligt Sjöfartsverkets föreskrifter om villkor för miljödifferentierad farledsavgift.
Enheten för säkerhet och beredskap samordnar säkerhets- och beredskapsarbetet på Sjöfartsverket och handlägger ärdenen om krisberedskap, säkerhetsskydd, signalskydd, CBRN-frågor, fysisk säkerhet, informationssäkerhet och brandskydd. Sjöfartsverkets säkerhetsskyddschef är placerad på enheten.
Sjömansservice planlägger, samordnar och genomför frågor om kultur- och fritidsverksamhet för sjöfolk i enlighet med ILO-konvention nr 163. Inom enheten bedrivs verksamhet vid anläggningarna Rosenhill i Göteborg, Kaknäs i Stockholm och Johannisborg i Norrköping. Verksamhet bedrivs också i Malmö, Rotterdam och Antwerpen.