Rederiet svarar för verkets fartygsverksamhet, med fartyg som drivs antingen i egen regi eller av externt driftsbolag eller inhyrt fartyg. Rederiet har det övergripande ansvaret för fartygens säkerhet, utrustning och gemensam standard. I ansvaret ligger samordning av investeringsfrågor för fartygen. Avdelningen svarar för samordning av tillgänglig fartygstid så att utfyllnad av tid för inkomna uppdrag kan ske med externa uppdrag.