Rederiet svarar för verkets fartygsverksamhet, med fartyg som drivs antingen i egen regi eller av externt driftsbolag eller inhyrt fartyg.
Rederiet har det övergripande ansvaret för fartygens säkerhet, utrustning och gemensam standard. I ansvaret ligger samordning av investeringsfrågor för fartygen. Avdelningen svarar för samordning av tillgänglig fartygstid så att utfyllnad av tid för inkomna uppdrag kan ske med externa uppdrag.
Peter Fyrby är chef för rederiet.