Stora delar av Sjöfartsverkets verksamhet är organiserad i sex affärsområden, som i sin tur samlas i en gemensam affärsavdelning under Ove Erikssons ledning.
Affärsområde Lotsning
Affärsområde Lotsning ansvarar för att effektivt och behovsanpassat planera och utföra lotsningstjänster samt för lotsplaneringen. Geografiskt är affärsområdet indelat i nio lotsområden: Luleå, Gävle, Stockholm, Södertälje, Kalmar, Malmö, Göteborg, Marstrand och Vänern/Kanalen. Lennart Forsström är affärsområdeschef.
Affärsområde Transport- och Farledsservice
Affärsområde Transport- och Farledsservice tillhandahåller lotstransporter och utför underhåll av sjösäkerhetsanordningar. Affärsområdet ansvarar också för att utveckla kommersiella tjänster inom sitt område i enlighet med fastställda regler. Geografiskt är verksamheten uppdelad på sju områden, och Andreas Bach är affärsområdeschef.
Affärsområde Sjökommunikation
Affärsområde Sjökommunikation ansvarar för sjö- och flygräddningscentralen samt för isbrytarledning och sjötrafikinformation. Affärsområdet ansvarar också för att utveckla kommersiella tjänster inom övervakning och kommunikation för sjöfarten i enlighet med fastställda regler. Per Setterberg är affärsområdeschef.
Affärsområde Bygg och Teknik
Affärsområdet ansvarar för den tekniska förvaltningen av farleder, Sjöfartsverkets fastigheter och infrastrukturen för sjötrafikinformationssystemet. Bygg och Teknik ansvarar också för service och installationer av Sjöfartsverkets utrustning i fartygen. Jon Granstedt är affärsområdeschef.
Affärsområde Sjögeografi
Affärsområde Sjögeografi ansvarar för Sjöfartsverkets verksamhet inom geodesi och sjömätning, samt för uppdatering och förvaltning av de sjögeografiska databaserna. Dessutom ansvarar affärsområdet för att marknadsföra och tillhandahålla sjögeografiska produkter och tjänster, samt redovisa Sveriges gränser till havs. Det är också affärsområde Sjögeografi som hanterar Sveriges åtaganden som medlem av International Hydrographic Organization (IHO). Patrik Wiberg är affärsområdeschef.
Affärsområde Trollhätte Kanal
Affärsområde Trollhätte Kanal svarar för sjötrafik, lotsbeställning, manövrering av slussar och broar, samt drift och underhåll av Trollhätte kanal. Affärsområdeschefen är ansvarig för RIDAS (Kraftföretagetns riktlinjer för dammsäkerhet) i kanalen och för verkets områden i Göta älv. Per Lagerström är affärsområdeschef.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Ledningssystemet vid Sjöfartsverkets affärsavdelning, Sverige är certifierat av Lloyd's Register Quality Assurance i enlighet med standarden ISO 9001:2000 (certifikat nr. SW970365).
Kvalitetsledningssystemet omfattar verksamheterna lotsning, sjötrafikinformation, farledsdrift och underhåll, sjökartläggning, nautisk säkerhetsinformation, isbrytning samt sjö- och flygräddning inom svenskt ansvarsområde.